En el año 1946, durante el gobierno del Dr. Juan José Arévalo, luego de la expedición  presidencial realizada a Puerto Barrios, surgió la iniciativa de crear el Puerto de Santo Tomás de Castilla en vista de las condiciones que prevalecían en dicho Puerto,  por lo que se pensó seriamente en su traslado a Santo Tomás.     En el gobierno del Coronel Jacobo Arbenz Guzmán, quien tuvo el deseo de darle un nuevo impulso a la economía nacional, al establecer la construcción  de la ciudad-Puerto  en la bahía  de Santo Tomás,  en el departamento de Izabal, declaró el proyecto de utilidad y necesidad pública. El respectivo contrato se firmó con la compañía Morrinson Kundson el día  30 de Junio del 1953.   

Los trabajos de la construcción fueron finalizados  durante el gobierno del presidente Castillo Armas,  quien inauguró el 13 de Septiembre de 1955 las instalaciones portuarias,  como un homenaje  a la patria, actividad en la que se presenció el envío del primer  cargamento simbólico que se hacia por el puerto,  el cual consistió  en varios quintales de minerales de las montañas de las Verapaces, puestas a bordo  del Mare-Liberum de la Cía., Guatemala-Line.   En el  acuerdo de inauguración se indicaba que el presidente  formó una Empresa  semi-autónoma para dirigir las operaciones de importación y exportación  por el ya mencionado Puerto a la que denominó Empresa Portuaria Nacional Santo Tomás de Castilla, por llamarse así el Puerto.   El 16 de mayo de 1958 la Empresa tomó el nombre de Dirección General de Puertos hasta 1962.  En el año  1963 la Dirección General de Puertos se transformó en Empresa Portuaria Nacional Matías de Gálvez, sin embargo, cuando fue inaugurada la segunda etapa de las instalaciones portuarias en 1969, durante el  Gobierno del Lic. Julio Cesar Méndez Montenegro, fue restituido su nombre original como Empresa Portuaria Nacional Santo Tomás de Castilla.   De la década de los 70's a la fecha, la Empresa Portuaria ha sufrido varios cambios, ha tenido varias ampliaciones y mejoras como lo fue la rehabilitación de pavimentos en la plataforma del mueve y patios, instalaciones de torres de iluminación, señalización vial, vallas perimetrales y la adquisición de un radar, el más moderno de Centroamérica, con alcance de 96 millas náuticas para ayudas a la navegación, entre otros; pero sobre todo, ha continuado siendo el principal generador de empleos para la región, por lo que se ha convertido en el Orgullo de Izabal.