Tiene a su cargo la administración y control de la seguridad integral de la Empresa, y específicamente la gestión administrativa de los Sistemas de PBIP, BASC, y Norma ISO 28000:2007 respectivamente, esta integrada a la organización a partir del año 2004, derivado de la Certificación del Puerto Santo Tomás de Castilla. Definir las estrategias, políticas y acciones que permitan lograr y mantener estándares internacionales de seguridad integral, para reducir la exposición de riesgos en la Instalaciones Portuarias. Velar porque las actividades que se realizan en el Recinto Portuario y demás Instalaciones de la Empresa, se desarrollen bajo estrictas medidas de seguridad y control. Implantar las acciones de prevención, disuasión, detección y corrección de amenazas potenciales a la protección física, seguridad industrial y ambiental.